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ydney sufre un shock al ver como la fábrica de Badenweiler es destruida y Dixon ha de tirar de ella para huir de la zona, ya que se encuentra totalmente bloqueada.

De vuelta en Los Angeles, Sydney decide investigar por su cuenta la conexión entre el FBI y su padre y sus pesquisas la llevan a conocer a la viuda de un agente del FBI. De su conversación se desprende una sospecha horrible: la muerte de la madre de Sydney podría ser consecuencia de las actividades ilegales de Jack.

Y siguen las malas noticias. La CIA, a través del troyano cargado en los servidores del SD-6, estaba obteniendo mucha información sobre el SD-6 pero Marshall descubre la puerta trasera y decide cerrarla, avisando a Sloane, el cual inicia una investigació para desenmascarar al agente traidor.

Los amigos de Sydney continúan ambos con sus investigaciones. Francie descubre que Charlie no la estaba engañando sino que en realidad se estaba preparando para debutar como cantante y toda la pandilla va al local a presenciar su debut. Will localiza a la mujer que se hace llamar Kate Jones, cuyo verdadero nombre es Eloise Kurtz, y cuando va a verla, encuentra su apartamento completamente vacío y ningún rastro de la mujer.

La nueva misión de Sydney y Dixon tiene una serie de ramificaciones que implican el hecho de que Sydney deba infiltrarse en un manicomio de Rumanía donde Sydney ha de localizar a un paciente que debería indicar la sepultura de Gareth Parkashoff, para obtener su huella digital, necesaria para activar un artefacto anteriormente recuperado. Pero cuando el contacto en el interior del manicomio es asesinado, Sydney se ve atrapada como un paciente y sin posibilidades de escapar...

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