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rancie informa a Sark de que Will es sospechoso para la CIA, de modo que Irina ordena a Francie que altere la retina de Will para que piensen que es el segundo doble. De este modo, Fran hipnotiza a Will, haciéndole que reprima una serie de recuerdos clave y quemando parte de sus retinas para que parezca que es un doble. La CIA le detiene y al escanearle, confirman las sospechas. Syd trata de sonsacarle información personal pero Will es incapaz de recordar. No obstante, Syd sigue convencida de que es su amigo Will. Cuando Will no aparece por casa, Francie comienza a preguntar y Sydney entonces le revela toda la verdad para protegerla. Las cosas se ponen peor cuando las huellas de Will aparecen en el control remoto del detonador de la bomba que mató a Diane y Dixon se enfrenta a él, estrangulándole y casi matándolo. Dado que todas las pruebas están en su contra, Will es sentenciado a un traslado forzoso a una prisión de máxima seguridad. Sark ordena a Francie que mate a Will para preservar su identidad secreta.

El creador del Proyecto Hélice es localizado pero dice no saber quién es el doble aunque les dice donde pueden encontrar la información que buscan.

La furgoneta donde trasladan a Will es atacada pero él consigue escapar. Para Dixon y la CIA, esto es la prueba de que Will es un traidor y de que cuenta con ayuda del exterior. Más tarde, Will llama a Sydney y le dice que no quiere verla y que conocerla destruyó su vida, aunque le da una pista sobre donde pueden encontrar el servidor con la información del segundo doble. De camino a esa localización, donde cuenta con refuerzos enviados por Jack, que ahora está convencido de que Will no es un impostor, Sydney se encuentra con su madre, que ha obtenido la información que buscaba antes de destruir el servidor. No obstante, Irina promete hacerle llegar a su hija la información que busca.

Will, que no quiere confiar ni en Syd, llama a Francie para que le venga recoger, y ambos huyen para esconderse.

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