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ydney abre la puerta 47 y en ella aparece ¡Will Tippin! comiendo cereales St. Aidan. Sin tiempo para nada más, Sydney despierta violentamente: Brezzel ha tenido que sacarla del sueño puesto que su pulso se había parado. El grupo decide poner fin a los experimentos y Sydney comienza a pensar cómo puede ponerse en contacto con Will, aunque este está en el programa de protección de testigos.

Will está ahora en Wisconsin, con el nombre de Jonah, y trabaja en la construcción. Al principio no cree a Sydney, piensa que es un doble, pero esta le demuestra que es su vieja amiga y ambos se abrazan emocionados por el inesperado reencuentro.

La alegría no dura demasiado. Por un lado, Lindsey amenaza a Sloane para asegurarse que mate a Syd mientras que Sark se desplaza hasta el laboratorio de Brezzel, al que tortura para averiguar datos sobre Sydney.

Will y Syd se ponen al día. Will explica cómo huyó del apartamento en llamas la noche en que Sydney desapareció. Además, reconoce el nombre de St. Aidan: es el contacto a través del cual se comunicaba con la CIA. Ambos acuerdan llamarle de nuevo para seguir la investigación. La noche del encuentro, St. Aidan aparece: es Lazarey. Sydney juega la carta de Julia Thorne y Will hace que Lazarey les hable de Graz, un lugar donde, teóricamente, han de recuperar algo. Antes de descubrir de qué se trata, Sark interrumpe la reunión y captura a Lazarey, aunque Syd y Will escapan ilesos.

En diferentes sitios, otras historias se desarrollan: Vaughn y Jack son hechos prisioneros por Lindsey, que no se cree que hayan estado buscando a Sydney por su lado, mientras que Sloane contrata un tirador para matar a un "empleado del gobierno". Sark, por su parte, interroga a Lazarey, que resulta ser su padre, revelando su verdadero nombre: Julian Lazarey. El ruso le da más información a su hijo: hay un objeto muy importante en Graz. Sark y Allison deciden viajar allí y recuperarlo por su cuenta.

Sydney y Will, tras una noche juntos, viajan a Graz y se registran en un hotel que Julia Thorne utilizaba como base de operaciones, cosa que descubren cuando entran en su base de datos. Allí, ven que Julia tenía una caja de seguridad a su nombre, así que ambos amigos tratan de abrirla...sólo para descubrir que Sark se les ha adelantado y les ha robado, por unos segundos, una pequeña cajita que contenía la cámara.

Will y Sydney se separan: ella va tras Sark y él, tras Allison. Ambos les dan caza. Sydney se conforma con una paliza y obtener la caja, pero Will se venga mortalmente de Allison por lo que le hizo a Francie y a él mismo.

Con la caja, por fin se produce el intercambio. Todas las fuerzas están en su posición, incluyendo el tirador contratado por Sloane, que cumple su función; pero no es Sydney su objetivo, sino el propio Lindsey, que cae abatido al primer disparo. Muerto Lindsey, Jack, Vaughn y Dixon (también apresado por el director del NSC) son liberados y sus puestos les son devueltos.

Marshall informa que la caja contiene tejido humano, tejidos del propio Rambaldi de los que se podría extraer fácilmente el ADN del genio italiano.

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